Осторожно, возможен спойлер:
В недалеком будущем согласие раздроблено на две фракции: тех, кто находится под контролем тоталитарного строя, и тех, кто сражается за свободу. Генеральная героиня, Эон Флакс, является эмпирическим представителем нелегальной организации, знаменитой как «Сопротивление». Она получает поручение от своего лидера пробраться в крепость антагониста и ликвидировать его главного ученого, который разрабатывает опасное биологическое оружие. Эон использует свои навыки, чтобы проникнуть в вражеские ряды, однако вскоре понимает, что реальность значительно сложнее, чем ей казалось.
Во время своей миссии Эон сталкивается с различными препятствиями и врагами. Она обнаруживает, что ученый, которого ей необходимо устранить, связан с ее прошлым, и это затрудняет ее действия. Эон также встречает других персонажей, каждый из которых имеет свои миссии и мотивы, что усложняет ее задачу. Она начинает расшифровывать клубок лжи и манипуляций, стараясь понять, кому можно доверять. Эон в шаге от разгадки, но каждое новое открытие ставит под угрозу ее жизнь и цели.
Ситуация накаляется, и иногда Эон оказывается в ловушке, ей приходится выбирать между выполнением поручения и спасением тех, кто ей дорог. Конфликт между собственными ощущениями и долгом перед «Сопротивлением» становится все более острым. В этот момент Эон осознает, что ее действия могут повлиять не только на ее судьбу, но и на судьбу всего человечества.